На сколько мне известно, что Cydia это как дополнение к прошивке iOS. И если его удаляешь- то удалаються соответственно те приложения которые "из под Cydia" установил/удалил.
P.S.: Ничего не утверждаю- делаю выводы имея опыт управления Сydia в iPhone 3gs, не более.
С уважением, mart90